Hücrenin içinde bulunan zar sisteminin arasındaki boşlukları dolduran kısım sitoplazmadır. Sitoplazma, heterojen yapıda, ne katı, ne sıvı bir kolloid sistemdir. Sitoplazmaya, sitoplazmik matriks de denilir. Büyük moleküller, hücreye hücre zarı ile beraber alınırlar. Bu yolla hem katı hem sıvı makromoleküller etrafları plazma zarı ile çevrili olarak geçiş yaparlar. Büyük moleküllerin hücreye girişine endositoz, çıkışına ise ekzositoz denir. Endositozla hücre içine alınan moleküllerin etrafı mutlaka plazma ile çevrilidir ve bu sitoplazmik vakuole endozom adı verilir. Endositoz fagositoz ve pinositoz olmak üzere iki tiptir. Aktif taşınma difüzyonun tersine çözünmüş maddelerin yoğunluğun az olduğu taraftan çok olduğu tarafa enerji kullanarak geçişleridir. Plastidler ökaryot hücrelerde çeşitli maddelerin sentezi ve depolanmasından sorumludur.