Doğada toprak ve diğer ekosistemlerdeki organik maddelerin çoğunu tekrar sirküle edilmesinin
esas ajanlarıdırlar. Hayvansal ve bitkisel atıkların
çürütülmesinde, bu yapılarda bulunan azot, fosfor,
potasyum, sülfür, demir ve kalsiyum gibi elementlerin serbest bırakılmasında, bazı peynir tiplerinin
(Rokufort, Kamembert) eldesinde, antibiyotik (penisilin) eldesinde, thiamin, biyotin, riboflavin gibi
bazı vitaminlerin, amilaz (Aspergillus spp.), selülaz,
pektolaz, proteaz, lipaz gibi enzimlerin ve giberellin gibi hormonların eldesinde funguslardan yararlanılır. Bazı maya türleri ekmek, bira, şarap gibi
gıdaların üretiminde büyük ekonomik öneme sahiptir. Bir takım küflerden de peynir yapımı ya da
yüksek protein içeriğine sahip biyomas (Candida)
üretiminde faydalanılmaktadır. Ayrıca, farmasötik
açıdan önem taşıyan laktoferrin (antibiyotik ajanı
olarak kullanılan demir bağlayan bir protein) ve
kan pıhtılarını parçalayan proteinler de funguslar
tarafından sentezlenir. Kimyasal maddelerin sentezinde ve sıvı yakıt olarak ta kullanılan etanol S. cerevisiae tarafından üretilir. Bazı anti-tümör ajanlar
son yıllarda funguslardan elde edilmektedir. Bazı
mantarlar, alglerle bir araya gelerek liken adı verilen toplulukları oluştururlar. Bazı türler de, bitkilerin köklerinde simbiyont olarak yaşarlar. Bitkilerin %90’ı, köklerinde simbiyont mantar türlerini taşır.
Bazı şapkalı mantarlar (Agaricus bisporus) yemeklik olarak üretilir ve tüketilirken, bazıları çok zehirlidir ve gıda zehirlenmelerine yol açabilir.