Hayvansal ve bitkisel atıkların çürütülmesinde, bu yapılarda bulunan azot, fosfor, potasyum, sülfür, demir ve kalsiyum gibi elementlerin serbest bırakılmasında, bazı peynir tiplerinin (Rokufort, Kamembert) eldesinde, antibiyotik (penisilin) eldesinde, thiamin, biyotin, riboflavin gibi bazı vitaminlerin, amilaz (Aspergillus spp.), selülaz, pektolaz, proteaz, lipaz gibi enzimlerin ve giberellin gibi hormonların eldesinde funguslardan yararlanılır. Bazı maya türleri ekmek, bira, şarap gibi gıdaların üretiminde büyük ekonomik öneme sahiptir. Bir takım küflerden de peynir yapımı ya da yüksek protein içeriğine sahip biyomas (Candida) üretiminde faydalanılmaktadır. Ayrıca, farmasötik açıdan önem taşıyan laktoferrin (antibiyotik ajanı olarak kullanılan demir bağlayan bir protein) ve kan pıhtılarını parçalayan proteinler de funguslar tarafından sentezlenir.