Rekombinasyon frekansları, genlerin kromozomlar üzerindeki yerlerini belirlemek için kullanılan önemli bir değerdir. Aynı kromozomda yer alan genlerin arasındaki uzaklıkların hesaplanarak yerlerinin belirlenmesine gen haritalaması denir. Gen haritalamasında, bir kromozom üzerinde birbirine bağlı olarak bulunan 2 gen arasındaki uzaklık rekombinasyon frekansı değeri kullanılarak hesaplanır. Bağlantı gösteren genler arasındaki uzaklık arttıkça, bu genler arasındaki bölgede krossing-over meydana gelme şansı artacaktır. İki gen birbirine çok yakınsa aralarında krossing-over olma şansı neredeyse yok denecek kadar azdır. İki gen arasında oluşan krossing-over sıklığı, rekombinant fenotip oranı olarak ortaya çıkar. Bu nedenle, elde edilen rekombinasyon frekansı değerleri, bağlantı gösteren lokuslar arasındaki göreceli uzaklıkları ölçmekte ve haritalama yapmakta kullanılır.