Çeşitli maddelerin üretilmesinde ve doğada madde çevriminde rol oynarlar. Bir kısmı atmosferik azotu tesbit etme özelliğine sahiptirler. Atmosferik azotu amonyağa çevirerek amino asit ve proteinleri üretmek üzere organik asitlere dönüştürülebilirler. Tarımda biyolojik mücadelede önemli rolleri bulunmaktadır. Atık su arıtılmasında, peynir, yoğurt, turşu, sirke gibi çeşitli gıdaların ve antibiyotiklerin üretilmesinde önemli bir rol oynarlar. Petrol kirliliği nedeni olan hidrokarbonlar ve organik kirleticiler gibi çevre kirliliğine neden olan maddelerin parçalanmasında aktif olarak iş görürler. Ayrıca doğada kolayca parçalabilen biyoplastiklerin üretilmesinde bakterilerden yararlanılmaktadır. Tedavi amaçlı insülin, büyüme faktörleri gibi proteinlerin üretilmesinde biyoteknolojik olarak yararlanılmaktadır. Hızlı çoğalmaları nedeniyle bakteriler genetik ve moleküler biyoloji çalışmalarında kullanılırlar. Arkea’nın enzimlerinden biyoteknolojik amaçlı yararlanılmaktadır.