Papa IX. Leo’nun, Cluny’dekileri Roma’da önemli makamlara getirmesiyle reformcu papalar, çocuk yaştaki IV. Heinrich (1056-1106)’in çalkantılı saltanat yıllarında otoritelerini arttırdılar. Papa IX. Stefan (1057 1058), I. Otto’nun kurduğu geleneğe aykırı olarak imparatorluk onayı almadan hüküm sürdü. Papa II. Nicholas 1059’da papayı kardinallerin seçeceğini ilan etti. Onun bu hareketi, bugün dahi papayı seçen Kardinaller Kurulu’nun temelini attı. Bu kurulla papalık İtalya’daki güçlerin ve imparatorluğun kontrolünden bağımsızlaştı. Avrupalı hükümdarlar papa seçiminde önemli ve dolaylı etkiye sahip olmaya devam etti.