Vergi hukuku ilişkisinden kaynaklanan uyuşmazlıklar niteliklerine göre, farklı yargı koluna ait mahkemelerce çözüme bağlanmaktadır. Nitekim, idari işlem niteliğindeki vergilendirme işlemlerinden kaynaklanan uyuşmazlıklar, genel idari yargı içinde örgütlenmiş bulunan vergi yargısında (vergi mahkemesi/vergi mahkemesi-bölge idare mahkemesi/vergi mahkemesi-bölge idare mahkemesi-Danıştay); vergi ödevine aykırı davranışlardan suç sayılanlara ilişkin uyuşmazlıklar genel adlî yargı bünyesinde yer alan ceza yargısında (ceza mahkemesi-(bölge adliye mahkemesi)-Yargıtay); özellikle vergi/kamu alacaklarının tahsili aşamasında ortaya çıkan ve mülkiyet uyuşmazlığı niteliği taşıyan uyuşmazlıkların çözümü ise genel adlî yargı bünyesinde yer alan medeni/hukuk yargı(sın)da (hukuk mahkemesi-bölge adliye mahkemesi-Yargıtay/İcra mahkemesi-bölge adliye mahkemesi-Yargıtay) çözüme bağlanmaktadır. Ayrıca, vergi hukukuna ilişkin genel düzenleyici işlemlere karşı açılan davalar da kural olarak Danıştay tarafından ilk derece mahkemesi olarak karara bağlanmaktadır. Öte yandan, vergi kanunlarının anayasaya uygunluğunun denetimi (iptal davası-itiraz yolu) ile vergi hukuku uyuşmazlıklarda bireysel başvuru hakkının kullanılması taleplerinin incelenmesi Anayasa Mahkemesi tarafından yapılmaktadır. Bu itibarla vergi hukukunun yargılama hukukunun birçok dalı ile doğrudan, yakın ve yoğun ilişkisi bulunmaktadır.