Zamanaşımının sakıncaları da vardır. Her şeyden önce zamanaşımı, vergide adalet ve eşitlik ilkelerine zarar verebilir. Başka bir deyişle zamanaşımı , ödevlerini düzenli olarak yerine getiren ve vergisini zamanında ödeyen yükümlüler aleyhine, daha az dikkatli ya da daha az dürüst yükümlüler lehine bir ayrım ortaya çıkartmaktadır. Zira borcunu ödeyen dürüst ve dikkatli yükümlüler, kendileri kadar dürüst ve dikkatli olmayan başkalarının belli süreler sonunda, zamanaşımı nedeniyle vergi borçlarından kurtulduklarını görerek vergi ile ilgili olarak olumsuz bir düşünceye kapılabilirler.