Baharatları kullanılan bitki organlarına göre sınıflandırmak mümkündür. Örneğin tarçın Uzak Doğu Asya’da yetişen bir ağacın kurutulmuş gövde kabuğudur. Anason, dereotu, kakule, karabiber, kırmızıbiber, kimyon, kişniş, muskat, rezene, sumak, vanilya ve yenibahar aynı adı taşıyan bitkilerin kurutulmuş meyveleridir. Çemen, çörekotu, hardal, haşhaş, keten ve susam tohumdur. Karanfil, tropik bir ağacın çiçek tomurcuklarıdır. Safran, safran bitkisinin çiçeklerindeki dişi organın tepeciğidir. Zencefil ve zerdeçal, aynı adla anılan bitkilerin toprak altındaki rizomlarıdır. Ada çayı, biberiye, defne, fesleğen, kekik, nane, mercanköşk, oğulotu, sater, tarhun gibi kokulu ve ıtri otların da yaprakları baharat olarak kullanılır.