Hayvanlar çeşitli mikroorganizmaları, üzerlerinde ve mukozalarında bulundurur. Hasta süt hayvanları, Mycobacterium bovis, Brucella spp., Salmonella, S. aureus, L. monocytogenes, E. coli, C. jejuni ve Coxiella burnetii gibi zoonotik özellikteki patojen mikroorganizmaları süte bulaştırabilir. Küfle bulaşık yemle beslenen hayvanların sütleri aflatoksin M1 (AFM1) yönünden risk taşır.