Sterilizasyon işlemiyle sütün tüm mikroorganizmalardan arındırılması amaçlanır. Sterilizasyonda 100°C’nin üzerinde gerçekleşen ısı işlemiyle ısıya dayanıklı Bacillus stearothermophilus’un bazı suşlarına ait sporların yıkımlanması amaçlanır. Bu işlemle, etkenin vejetatif formlarının tamamı ile sporlarının tamamına yakını inaktif hale gelir, ancak enzimlerin bir kısmı aktivitesini koruyabilir.