Yoğurda işlenecek sütte bulunan çöp, kıl, toprak gibi fiziksel tehlikeler ve diğer istenmeyen maddelerin uzaklaştırılması işlemine klarifikasyon denir. Standardizasyon, homojenizasyon ve fermantasyon da yoğurt yapım aşamalarındandır. Kontaminasyon ise istenmeyen zararlı maddeler ve mikroorganizmaların herhangi bir yolla gıdalara bulaşmasına verilen isimdir.