Aflatoksinler, özellikle B1, kanser oluşturucu ve mutajenik etkilidir. Epidomiyolojik çalışmalarda, aflatoksin içeren gıdalarla beslenen bölge insanları primer karaciğer kanseri ve sirozuna daha yüksek oranda rastlanmıştır. Ayrıca, teratojenik ve immunosupresif etkilere de sahip olduğu denek hayvanlar üzerinde kanıtlanmıştır.a Bu etkilerden anne karnındayken bozukluklara neden olma durumuna verilen ad teratojeniktir.