Merkez teşkilatı ana hizmet birimlerinden oluşmaktadır. Bu hizmet birimleri şunlardır; Gümrükler Genel Müdürlüğü, Gümrükler Muhafaza Genel Müdürlüğü, İç Ticaret Genel Müdürlüğü, Risk Yönetimi ve Kontrol Genel Müdürlüğü, Tüketicinin Korunması ve Piyasa Gözetimi Genel Müdürlüğü, Esnaf ve Sanatkârlar Genel Müdürlüğü, Kooperatifçilik Genel Müdürlüğü, AB ve Dış İlişkiler Genel Müdürlüğü, Tasfiye Hizmetleri Genel Müdürlüğü, Rehberlik ve Teftiş Başkanlığı, Strateji Geliştirme Başkanlığı, İç Denetim Birim Başkanlığı, Hukuk Müşavirliği, Bakanlık Müşavirleri, Personel Dairesi Başkanlığı, Eğitim
Dairesi Başkanlığı, Destek Hizmetleri Dairesi Başkanlığı, Bilgi İşlem Dairesi Başkanlığı, Basın ve Halkla İlişkiler Müşavirliği, Özel Kalem Müdürlüğüdür.