Gümrük Muhafaza Genel Müdürlüğü faaliyetlerini başta 5607 Sayılı Kaçakçılıkla Mücadele Kanunu ve 4458 Sayılı Gümrük Kanununa dayandırmaktadır. Müdürlüğün faaliyetlerini dayandırdığı temel yasal düzenlemeler; 5271 Sayılı Ceza Muhakemesi Kanunu, 1380 Sayılı Su Ürünleri Kanunu, 2313 Sayılı Uyuşturucu Maddelerin Murakabesi Hakkında Kanun, 863 Sayılı Kültür ve Tabiat Varlıklarının Korunması Hakkında Kanun, 6136 Sayılı Ateşli Silahlar ve Bıçaklar ile Diğer Aletler Hakkında Kanun, 4208 Sayılı Karaparanın Aklanmasının Önlenmesi Hakkında Kanun,5549 Sayılı Suç ve Gelirlenin Aklanmasının Önlenmesi Hakkında Kanundur.