Gümrük uyuşmazlıkları konuları;Eşya kıymetini etkileyen royalti sözleşmeleri, borç dekontları, iskonto, vade ve kur farkı faturaları ile ilgili uyuşmazlıklara sık sık rastlanılmaktadır. ?Gümrük tarife pozisyon cetveline ilişkin uyuşmazlıklar görülmektedir. ?Damping, Anti-damping soruşturmaları ,Referans fiyat uygulamaları, ?Menşe konusunda uyuşmazlıklar ,?Fiyat farklılıkları,Kurum ve kuruluş kontrolleri  ve Transfer fiyatı araştırmalarıdır. E seçeneğinde verilen  itiraz , Gümrük idaresi ile yükümlüler arasında doğan anlaşmazlıkların çözümünde ?kullanılan bir yöntemdir.