Bugün uygulandığı şekli ile otopsi Müslüman bilginler arasında tereddütle karşılanmıştır. Bunun temel gerekçesi şudur: İslam dini insanı mükerrem bir varlık olarak görmekte ve insana saygı üzerinde ısrarla durmaktadır. Bu bakış insanın dirisi için de ölüsü için de geçerlidir. İslam'da ölülere ve kabirlere saygı gösterilmesi ve bunların keyfi müdahalelere karşı korunması dini bir vecibe olarak kabul edilmektedir. Hz. Peygamber'in şu hadisi de bunu desteklemektedir: "Ölünün kemiğini kırmak, diri iken kemiğini kırmak
gibidir" (Ebu Davûd, "Cenâiz", 60). Bazı bilginler bu ve benzeri delillere dayanarak otopsinin, özellikle de bilimsel ve eğitim amaçlı otopsinin caiz olmadığı yönünde görüş bildirmişlerdir.