Biyometrik sistemlerin çalışma aşamalarını kayıt ve tanıma aşaması olarak ikiye ayırmak mümkündür. Sistem, karakteristik biyometrik özelliği içeren bir veritabanına dayanmaktadır. Veritabanı ya merkezidir ya da manyetik kartlar üzerine işlenerek dağıtılmıştır. Kayıt aşamasında biyometrik karakteristik veritabanına eklenir. Cihaz tarafından taranarak kişinin biyometrik unsur, kompakt ve belirgin dijital temsili oluşturmaktadır. Buna şablon (template) denir ve bu şablon veritabanına kaydedilir.
Tanıma aşamasında ise, sistem erişim noktasındaki kişinin biyometrik özelliği alınır ve şablon ile karşılaştırılır. Tarama sonucu ile optimize edilmiş dijital temsilin eşleşme sonucuna göre kişi, ya kabul edilir ya da reddedilir.