Biyometrik sistemlerin çalışma aşamalarını kayıt ve tanıma aşaması olarak ikiye ayırmak mümkündür.

Kayıt aşamasında biyometrik karakteristik veritabanına eklenir.

Cihaz tarafından taranarak kişinin biyometrik unsur, kompakt ve belirgin dijital temsili oluşturmaktadır. Buna şablon (template) denir ve bu şablon veritabanına kaydedilir.

Tanıma aşamasında ise, sistem erişim noktasındaki kişinin biyometrik özelliği alınır ve şablon ile karşılaştırılır.

Sistemin genel performansının belirlenmesinde depolama, hız ve eşleştirmedeki doğruluk payı etki etmez.