Çiftlik hayvanlarının refahı ile ilgili sorunlar çoğunlukla çevre ile ilgilidir. Bu hayvanlar içinde bulundukları çevre ile yabani yaşamdaki çevre arasında çok önemli farklar vardır. Nitekim entansif hayvancılık sistemleri çoğu zaman hayvanların normal davranış ihtiyaçlarının karşılanmasına uygun değildir. Dolayısıyla bu durumdaki hayvanlarda anormal davranışlar gelişebilmektedir. Domuzlarda kuyruk yeme, tavuklarda kanibalizm, sığırlarda dil oynatma, koyunlarda yapağı ısırma gibi davranışlar anormal davranışlara örnek verilebilir. Entansif sistemlerde ayrıca bazı yönetim hataları da hayvan refahını olumsuz etkilemektedir. Örneğin sığırlar ve koyunların altlıksız beton zeminde veya çamurlu ve ıslak zeminde uzun süre tutulmaları topallık sorununu artırmakta ve dolayısıyla refahı olumsuz etkilenmektedir.