Hastalık zayıf refahın önemli bir unsuru olduğuna göre hastalığa karşı alınan birçok önlem aynı zamanda refahın d¨üzeltilmesi için de faydalı olur.

Hayvan yetiştiriciliğinde barınma ve idare sistemleri ile ilgili yeni görüş ve proje geliştirilmesinde, üreme ve sistemik hastalıklar ile bulaşıcı hastalıklar arasındaki farklılıkları dikkate almak gerekmektedir.

Hastalıkların hayvan refahı üzerine olumsuz etkileri olduğu gibi hayvan refahını artırmanın da hayvan sağlığı üzerine olumsuz etkileri olabilir.

Hayvan refahının iyileştirmesine çalışırken ortaya çıkan bir hastalığın hayvanlar üzerindeki olumsuz etkileri hakkında düşünce sahibi olmak da gerekmektedir.

Refahın iyileştirilmesi için yapılan bütün girişimler sırasında hayvanın bağışıklık sistemindeki zayıflama ile hastalığın bulaşma riskinin artacağı göz önünde tutulmalıdır.