Bal arısı kolonilerini olumsuz etkileyen hastalıkları iki grupta incelemek gerekir. Bunlardan yavru (larva ve pupa) evrelerinde etkili olan Amerikan
ve Avrupa yavru çürüklükleri bakteri; kireç ve taş hastalıkları mantar; tulumsu çürüklük ise virüs hastalıklarıdır. Ergin arılar ise protozoanın neden olduğu Nosema, bir akar bulaşıklığı olan akarioz ve viral olan arı felci hastalıklarından büyük zarar görürler. Bir dış parazit olan varroa ise bir dönem tüm dünya arıcılığını tehdit etmiştir. Ayılar, fareler, köstebek, kirpi gibi hayvanlar ile yabani arılar arcılık işletmelerinde yer yer önemli kayıplar verdirmektedirler.