Ionia Ayaklanması’nın bastırılmasından iki yıl sonra, M.Ö. 492 yılında, Mardonios komutasındaki Pers ordusu Trakya’ya bir sefer yaparak, bölgedeki Pers egemenliğini güçlendirdi. Fakat Persler için potansiyel tehlike olan ve Ionia Ayaklanması’nı destekleyen Yunanistan hâlâ Pers egemenlik alanının dışında kalıyordu. Bu nedenle, M.Ö. 490 yılında Datis ve Artaphernes komutasındaki Pers donanması Ege Denizi’ni aşarak Yunanistan’a ayakbastı. Persler, Hellenlerden toprak ve su istediler; bu, “teslim olun” anlamına geliyordu. Hellenlerin çoğu teslim olmayı kabul etti; Eretrialılar ise karşı koydu. Fakat kısa sürede kentleri yakılıp yıkıldı, halkı köleleştirildi. Perslere, sürgündeki Atinalı Tiran Hippias rehberlik ediyordu. Pers ordusu Yunanistan’ın Attika bölgesinin doğu kıyısında ve Atina’nın 30 km kuzeydoğusundaki Marathon Körfezi’ne ulaştı; körfezin gerisinde Marathon Ovası bulunuyordu. Persler hem Atinalılara hadlerini bildirmek hem de Ionia ayaklanması sırasında tahrip edilen Sardeis’in öcünü almak istiyorlardı. Fakat Miltiades komutasındaki Atinalılar, Persleri büyük bir yenilgiye uğrattılar.