Ionia Ayaklanması’nın nedeni olarak Perslere karşı duyulan hoşnutsuzluk ve Miletos’un ticari çıkarlarından söz edilebilir. Ancak Pers yönetimi altındaki Miletos, daha önce olmadığı kadar refaha ulaşmıştı; dolayısıyla, ticari çıkarlar söz konusu olamazdı. Ayrıca Pers satrapları arasında husumet ve çıkar ilişkileri de vardı. Bütün bunlar, Ionia Ayaklanması’nın, Perslere karşı oluştuğu düşünülen “milliyetçi” duyguların bir tepkisi olmadığının göstergesidir. Bireysel çıkarlar daha ön plandaydı.