Yakma yönteminin dezavantajları şöyle sıralanabilir:
-Yakma sonrasında ortaya çıkan kül ve cüruf depolama bölgelerindeki yeraltı sularının kirlenmesine sebep olurlar.
-Külün soğutulması aşamasında kullanılan su ayrıca bir maliyete sebep olmakta ayrıca bir atık su sorunu oluşturulmaktadır.
-Yakma tesislerinde ortaya çıkan, kül, toz, koku, titreşim, gürültü ve gaz emisyonu çevreye zarar vermektedir.
-Çok iyi ayrıştırılmamış atıkların tutuşturulması amacıyla ham madde kullanılması ayrıca bir maliyete neden olmaktadır.
-Diğer yöntemlere göre daha pahalı bir yöntemdir.