Ajanlara Göre Kirler: Kirlerin yapısal özelliklerine göre yapılan sınıflandırmadır. Bu sınıflandırma gıdaların kirlenmesine risk oluşturan durumlarının belirlenmesinde ve güvenilirliklerinin tanımlanmasında çok kullanılmaktadır. 3 farklı grupta incelenir.
Fiziksel Kirler: Cam malzeme, metal parçaları.
Kimyasal Kirler: İlaçlar, kimyasal içerikli solüsyonlar, tarım ilaçları, fazla miktarda gıda katkı maddeleri, gıda maddelerinin bulundukları kaplardan çözünme ile geçen metal kalıntıları.
Mikroorganizmalar: Virüs, bakteri, parazit ve mantarlar.