Filtrasyon, çöktürülen suyun yavaş veya hızlı bir şekilde kum filtreleri veya aktif kömür filtrelerinden geçirilmesi su arıtma işlemidir. Bu işlemde sedimentasyon sonucunda hâlen uzaklaştırılamayan katı partiküller sudan ayrıştırılmış olur. Ayrıca bu filtrelerin suyla ilk temas eden yüzeylerinde bu katı parçacıklar ile parazitler ve bunların yumurta, kist veya ookistlerinden bir tabaka oluşur. Bu tabakada daha sonra gelen suyun içindeki mikroorganizmaları ve bunların ürünlerinin tutulmasına neden olur. Bu nedenle filtrasyon bir çeşit biyolojik arıtma olarak kabul edilebilir.