Pestisit kavramı böcekkıran/haşerekıran olarak adlandırılmasına rağmen, zararı sadece ilgili peste yani zararlı canlıya olmamaktadır. Pestisitler, doğrudan çevreye, hayvanlara, bitkilere, böceklere uygulansa da diğer zararsız ya da yararlı canlılar üzerinde de etkili olabilirler. Bu nedenle ekolojik dengenin bozulmasına neden olabilirler. Pestisitler ayrıca uygulandıkları yerde de kalmayabilirler. Yağış, erozyon, rüzgâr vb. nedenlerle başka yerlere de dağılarak etkileri geniş bir alanda gösterebilirler. Pestisitlerin bir kısmının yarılanma ömrü uzundur, birikimlere neden olabilirler. Direkt olarak uygulayanlarda akut ve kronik zehirlenmelere; yine uygulayıcılarda, diğer insanlarda ve tüketicilerde kanserlere, doğumsal bozukluklara hatta genetik etkilere neden olabilirler.