• app: CraftCMS’yi oluşturan yazılım dosyalarını barındırır. Kullanım sırasında, bu klasördeki herhangi bir dosya üzerinde değişiklik yapmaya gerek yoktur. CraftCMS’nin yeni bir sürümüne el ile güncelleme düşünüldüğünde, bu dosyalar yenileriyle değiştirilebilir ancak otomatik güncelleme özelliği sayesinde bu uygulama da gerekli olmaktan çıkmıştır.
• config: CraftCMS’nin yapılandırma (konfigürasyon) dosyalarını barındırır. Bu dosyalar ve işlevleri şu şekildedir;

- db.php: Veritabanı bağlantısına ilişkin yapılandırma verilerini tutar.

- general.php: Web sitesine özel yapılandırma verilerini tutar.

- liscense.key: CraftCMS’ye ait lisans anahtarını tutar. Bu bilgi CraftCMS sunucuları üzerinden otomatik olarak güncellenir. Kurulum sırasında bu dosya üzerinde herhangi bir düzenleme yapmaya gerek yoktur.

- routes.php: PHP yönlendirme bilgilerini tutar. Bu dosyada yapılacak düzenlemeler ile gelen web istemi talepleri, sağladığı şartlar bağlamında farklı sayfalara yönlendirilebilir.

- redactor: İçeriğin görüntülenmeden önceki biçimsel düzenlemelerine ilişkin verileri tutar.

• plugins: CraftCMS’nin istenilen yönde işlevler kazanmasını sağlayacak eklentilerin dosyalarını barındırır.
• storage: CraftCMS’nin kullanımı sırasında oluşan dosyaların dinamik olarak kaydedilip silindiği klasördür. Başlangıçta herhangi bir alt klasör içermese de kullanım sürecinde aşağıda maddelenip ve işlevleri açıklanan alt klasörleri görmek mümkündür.
• templates: Tasarım şablonlarını içeren klasörleri tutar. Bu şablonlar sayesinde CraftCMS’nin görünümü özelleştirilebilir.