Somatik sinir sistemi ile otonom sinir sistemi ara­sındaki en önemli fark in­nerve ettikleri yapılardır. Otonom sinir sistemi düz kasları, kalp kasını, bezleri, sindirim kanalını innerve ederken somatik sinir siste­mi iskelet kaslarını innerve eder. İskelet kaslarını in­nerve eden somatik sinir­ler kasların kasılmasına yol açar. İskelet kaslarını inhibe eden somatik nöron yok­tur. Kasların gevşemesi mo­tor sinirlerdeki inhibisyona yani kasılma emrinin orta­dan kalkması ile gerçekle­şir. Otonom sinir sistemi etkileri ise baskılayıcı ya da uyarıcı olabilir.