Beyin sapı beynin en alt katmanıdır, çiçeği tutan bir sapa benzetilebilir. Beyin sapı üç bölgeden oluşur: medulla oblongata, pons ve orta beyin (mezensefalon). Beyin sapı âdeta beyin içine girmiş omurilik yapısıdır. Sinyalleri korteks ve omurilik arasında ileten tüm sinir liflerinin yolu beyin sapından geçer.