Bağdad’daki sürgün yıllarında Bâb Mirza Ali Muhammed’in vekilliği konusunda kardeşiyle anlaşmazlık yaşadı. Bunun üzerine Bağdad’dan gizlice kaçtı ve Süleymaniye dağına yerleşerek iki sene süren bir çile hayatı yaşadı. Mirza Hüseyin Ali’nin bu gizemli tavrı, Bâb Mirza Ali Muhammed’den sonra lidersiz kalan Bâbîler arasında büyük yankı uyandırdı ve kendisini hareketin başına geçirecek sosyo-kültürel zeminin oluşumuna yardımcı oldu. Nitekim Mirza Hüseyin iki yıllık çile hayatından sonra Bağdat’a döndüğünde ummadığı bir ilgiyle karşılaştı.