Kontrol biriminin görevi, program yönergelerine göre sistemdeki veri akışını kontrol etmektir. Program yönergeleri ve verilerin belleğe gönderilmesi ve bellekten getirilmesi, yönergelerdeki işlemlerin aritmetik mantık birimine gönderilmesi ve sonuçlarının getirilmesi gibi işlemlerin tümü kontrol birimi tarafından gerçekleştirilmektedir. Bu süreçlerde ortaya çıkan ara değerlerin tutulması için işlemci yazmaçları kullanılmaktadır.