Fonksiyonel yetki; yöneticilerin, başka bölümlerdeki çalışanlar tarafından gerçekleştirilen, ancak kendi bölümlerinin uzmanlık alanına giren özel çalışma konuları hakkında, başka bir bölüm çalışanına emir verip iş istemelerine olanak tanıyan yetki türüdür. Örgüt şemasında çapraz bir çizgiyle gösterilebilir. Örneğin, satış müdürünün muhasebe müdürünün altındaki maliyet muhasebesi elemanından bir ürünün birim maliyetine dair bilgi isteyebilmesini sağlayan yetki fonksiyonel yetkidir.