Karşılaştırma yöntemi kullanılarak yapılan bir araştırmada da, aynen laboratuar ortamındaki gibi, bir bağımsız değişkenin bağımlı değişken üzerinde etkisi olup olmadığını araştıracak koşullar üretilmeye çalışılır. Ancak, burada laboratuar ortamının ayarlamaları mümkün olmadığından, incelenecek olan olgunun ortaya çıktığı ve/veya çıkmadığı siyasal sistemler gözlemlenir. Bu durumda izlenebilecek olan iki temel yöntem olduğunu 19. yüzyıl düşünürlerinden John Stuart Mill ilk kez ortaya koymuştur. Mill önerdiği mantık süreçlerine karşılaştırmalı yöntem adını vermemiş ve birisine uyuşma yöntemi (method of agreement), diğerine de fark yöntemi (method of difference) adını vermiştir.