BSA olarak kullanılan mikroorganizmalar ve toksinlerin bilinenin aksine pek çok faydalı kullanım alanları da mevcuttur. Örneğin; ekmek, yoğurt, kefir, sirke, boza, peynir, sucuk, turşu gibi pek çok mayalanmış (fermente) gıdanın üretilmesinde mikroorganizmalardan yararlanılmaktadır. Biyolojik atık su arıtımında, alkol gibi çeşitli endüstriyel ürünlerin üretiminde, maden yataklarının ıslah edilmesinde mikroorganizmalardan yararlanılır. Ayrıca sağlık, eczacılık ve kozmetik alanlarında mikroorganizmalar ve toksinler kullanılmaktadırlar.