Japonya’da, 1930’ların başından itibaren 1945’lere kadar biyolojik savaş programı dâhilinde, BSA’lar ile birçok deney yapılmıştır. II. Dünya
Savaşında BSA kullandığı tespit edilen tek ülke Japonya’dır. Japonya 1932 ve 1945 yılları arasında işgal ettiği Mançurya’da Dr. Shiro Ishii ve Dr. Kitasano Misaji komutasında biyolojik ve kimyasal silah çalışmalarını yürütmüşlerdir. Japon biyolojik silah geliştirme programının ana yürütücüsü olan 731 numaralı ünite, 150 bina ve 5 uydu kamptan oluşan yerleşkede 3000 bilim insanı ve teknisyenden oluşan kadro ile çalışmalarını yürütmüşlerdir. Bu çalışmalarda; şarbon, dizanteri, kolera, difteri, tetanos, menenjit ve kanamalı ateş etkenleri ile
denemeler yapmışlardır. Bu deneyler sonucunda 10.000 mahkûmun hayatını kaybettiği tahmin edilmektedir. Çin’deki 11 kentin içme suyu kaynakları, salmonella, shigella ve kolera etkenleri ile kirletilmiştir. Ayrıca Japon orduları II. Dünya Savaşında Mançurya ve Moğolistan’da sivil bölge halkına karşı
tularemi, veba ve viral etkenler ile biyolojik saldırılar yapmışlardır. Bu saldırılar, bazen su kaynaklarını ve gıdaları kontamine etmek suretiyle yapılmış ve
elde edilen saf mikroorganizmalar uçaklar vasıtası ile püskürtülmek suretiyle kullanılmıştır. Japonlar, savaşta aldıkları esirler üzerinde de biyolojik deneyler yapmışlardır. Bu deneylerde yaklaşık 1000 kişi aerosol şeklinde maruz kaldıkları şarbon sebebiyle ölürken toplamda 3000’e yakın kişinin çeşitli BSA’lara maruz kalarak öldüğü bilinmektedir.