Biyolojik bir savaşa karşı savunma; kullanılan biyolojik savaş ajanının özelliklerini bilerek zamanında tespit etmekle başlar. Böylece saldırıya maruz kalmış personel uyarılabilir ve saldırıdan sonra BSA’ların personel üzerindeki etkisi önlenebilir veya azaltılabilir. Dolayısı ile biyolojik savaşa karşı savunma; öncelikle BSA kullanılmasını önleme veya önlenemiyorsa meydana gelecek saldırıda/ taarruzda BSA’ların personel üzerindeki etkilerini en aza indirme veya yok etme ögelerini içerir. Bunun için öncelikle saldırıda/taarruzda BSA kullanılıp kullanılmadığı tanımlanmalıdır. Ortaya çıkan belirtilerin ya da hastalığın salgın bir durum olup olmadığı ortaya konulmalıdır.