Kütle spektrometreleri, yüklü parçacıkların manyetik ya da elektriksel bir alandan geçerken diğer yüklü parçacıklardan kütle/yük oranlarına göre ayrılmaları prensibine dayanır. Kütle spektrometreleri iyonizasyon işlemi ile molekülleri uyararak yüklü iyonize moleküller haline dönüştürürler.