MALDI-TOF-MS kültürlenmiş mikroorganizmaların hızlı, doğru ve düşük maliyetli teşhisi için yaygın olarak kabul gören bir teknik hâline gelmiştir. Bu yöntemde mikroorganizmalara ait biyomeküllerin (protein, peptid, şeker) ve büyük organik moleküllerin (polimer, dendrimer, makromolekül) iyonize edildikten sonra elektrik ve/veya manyetik alandan geçirilerek protein profilleri çıkarılmaktadır.