Mikroorganizma kaynaklı toksinler: Mikroorganizmaların doğal olarak ürettikleri zehirlerdir. BS açısından önemli olan mikroorganizma kaynaklı başlıca toksinler; 1. Clostridium botulinum toksini (bilinen en kuvvetli zehirdir), 2. Clostridium perfringens enterotoksini (dizanteri), 3. Clostridium tetani toksini (tetanoz), 4. Staphylococcal enterotoksin B (SEB) (dizanteri), 5. Shigella toksini (dizanteri), 6. Vibrio cholera toksini (kolera).