Mikroorganizmaların neden olduğu gıda kaynaklı hastalıklar; enfeksiyon ve intoksikasyon olmak üzere iki kısma ayrılır. Enfeksiyonlar gıda yoluyla vücuda giren mikroorganizmaların neden olduğu hastalıklardır. Gıda intoksikasyonları ise gıdalara bulaşan mikroorganizmaların ürettikleri toksinlerin belirli bir düzeye çıkmasından sonra tüketicide meydana getirdiği sağlık bozukluklarıdır. Gıdalarla birlikte alınan az sayıdaki mikroorganizma gıda enfeksiyonunu başlatmak için yeterli olabilmektedir. Bu mikroorganizmalar hayvansal gıdalarda hayvanın kendisinden köken alabileceği gibi işleme veya depolama sırasında da bulaşabilir. Pasif gıda enfeksiyonlarına örnek olarak tüberküloz, bruselloz, tifo, bulaşıcı sarılık, kolera gösterilebilir. Aktif gıda enfeksiyonları ise; bazı bakteri ve küflerin gıda içinde gelişmeleri sonucu şekillenir. Bu organizmalar gıdada çoğaldıktan sonra bazı toksinler (zehirler) üretir. Bu toksinler de insan sağlığı için tehlike oluşturabilir