Diğer tüm silah sistemlerinin aksine, biyolojik silahlar etkilerini hemen göstermezler, etkilerin görünmesi için bir kuluçka (inkübasyon) süresi
vardır. Kuluçka süresi kullanılan BSA’ye göre değişiklik göstermektedir. Örneğin Botulinum toksininden kaynaklanan zehirlenmeler çok kısa sürede ölümlere sebep olabilirken, HIV virüsünün sebep olduğu AIDS’in belirtileri bulaştıktan yıllar sonra ortaya çıkabilmektedir. Bu süre içerisinde BSA’lar kişiden kişiye bulaşabilir ve yayılım artabilir. Kuluçka süresinden dolayı bireyin etkilenip etkilenmediği geç tespit edilir bu durum Biyolojik Savaşa karşı savunmayı zorlaştırır.