Yapı oluşturulurken çok zaman ve işlem gerektirir.

Yapı oluşturulurken yapılan bir hatanın düzeltilmesi neredeyse imkansızdır.

Hiyerarşik Veritabanı Modeli’nin kullanıldığı yazılımların dilleri basittir.

Hiyerarşiden bir segment çıkartıldığında, yapıda bu segmente bağlı olanlara ulaşım kesileceğinden,ekleme ve çıkartma işlemleri yapı kurulurken düşünülüp iyi tasarlanmalıdır.

Üzerinde işlem yapan programcının hataya yol açmaması için yapıyı ileri düzeyde bilmesi gerekmektedir.