Dış görünüşteki benzerliklere karşılık, medrese yapıları planları bakımından iki farklı ilkeye göre şekillenmiştir. Kısaca, kapalı avlulu ve açık avlulu olarak ayırabileceğimiz iki farklı tipi belirleyen unsur, yapının ortasındaki büyük hacmin örtülmesi ya da açık bırakılmasıyla ilgilidir. Kapalı avlulu tipler için, Konya’daki Karatay Medresesi (1250), açık avlulu medreseler için, Sivas Çifte Minareli Medrese (1271), örnekler arasındadır.