Lojistik faaliyetlerin etkin ve verimli yönetilememesi durumunda, işletme aşağıda sayılan ve lojistik maliyetler kapsamında değerlendirilen bazı ek maliyetlere katlanır durumunda kalabilir.  Bunlar; Fazla amortisman maliyetleri, Bozulma, hasar ve kayıp maliyetleri, Geç teslimat maliyetleri, Hata ve ceza maliyetleri, Bilgi sistemleri / bilgi iletişim maliyetleri, Personel maliyetleri, En uygun (optimum) olmayan sipariş miktarları maliyetleri, Atıl kapasite (depo, taşıma aracı, vb.) maliyetleri.