Bağımsız muhasebe sisteminde, genel muhasebe ile maliyet muhasebesi birbirinden ayrı olarak yürütülür ve her iki muhasebe, hesapları kendi bünyeleri ve hesap alanı içinde tutar. Genel muhasebe ile maliyet muhasebesi arasındaki bağlantı, bağlantı hesapları aracılığı ile kurulur. Birleşik muhasebe sisteminde ise maliyet muhasebesi kayıtları ile genel muhasebe kayıtları birlikte tutulur. Hesap ayrılığı sistemi MSUGT’de benimsenen sistemdir. Bu sistemde, genel muhasebe ile maliyet muhasebesi birlikte çalışmakla beraber, bazı ana ve yardımcı hesaplar her iki muhasebede ayrı ayrı tutulur. Ana maliyet ve yardımcı hesaplar ayrıntılı olarak maliyet muhasebesinde tutulurken, genel muhasebede ana maliyet hesapları ayrıca izlenir.