Müşteriler sanal mağazalarda farklı ödeme sistemleriyle ödemeyi gerçekleştirebilmektedir. Yeni geliştirilmeye çalışılan bir sistem olan elektronik kredi kartıyla ödemede satıcı işletme ile müşteri arasında iki tür anahtar kullanılarak alışveriş gerçekleştirilmektedir. Elektronik para ile ödemede ise bu sisteme göre müşteri bankadaki parası karşılığında elektronik para birimi satın alabilmekte ve sanal alışverişte bu para birimini kullanmaktadır. Banka hesabı karşılığında müşterinin özel şifrelenmiş çek numaralarına sahip olduğu ve sanal ortamda ödeme yapabilmek için bu numaraları satıcıya ilettiği diğer bir ödeme yöntemi elektronik çek ile ödemedir. Açık hesap ile ödeme müşterinin satıcıya satın alma taahhüdünde bulunup ürünün mülkiyeti müşteriye geçtikten sonra geleneksel yöntemlerden biriyle (kredi kartı, nakit vb) ödeme gerçekleştirdiği sistemdir.