Sipariş maliyet sisteminde birbirinden farklı mamul ya da hizmetler iş partileri şeklinde üretilirken, safha maliyeti sisteminde türdeş ya da birbirine çok benzeyen mamuller kesintisiz ve seri olarak olarak büyük miktarlarda ve yığın olarak üretilmektedir.

Sipariş maliyeti sisteminde üretim maliyetleri siparişlerde toplanırken safha maliyeti sisteminde ise safhalarda toplanmaktadır.

Sipariş maliyeti sisteminde üretim maliyetleri; “sipariş maliyeti kartı”nda toplanırken safha maliyeti sisteminde ise safhalardan belirli bir dönemde geçen mamul birimleri ile safhada aynı dönemde katlanılan maliyetler ve bu maliyetlerin safhalardan geçen birimlere yüklenişini gösteren “üretim maliyeti raporu”nda toplanmaktadır.

Sipariş maliyeti sisteminde bir üretim bölümünden diğerine maliyet transferi yapılmazken, safha maliyeti sisteminde bir safhada tamamlanan birimler daha sonraki işlemler için bir sonraki safhaya devredilir. Bu birimlere önceki safhadan yüklenen toplam maliyetler “önceki safhadan devralınan maliyet” olarak ifade edilmektedir.

Sipariş maliyeti sisteminde dönem sonu yarı mamullerin tamamlanma derecelerine göre kaç tamamlanmış mamule eşit olabileceği belirlenir ve bunlara “eş değer birim” adı verilir. Safha maliyeti sisteminde ise bütün maliyetler her bir sipariş için ayrı ayrı belirlendiğinden böyle bir işleme gereksinim duyulmamaktadır.