1801 yılnda Hegel, Jena Üniversitesinde önemli bir konumda bulunan Fichte’nin desteğiyle bu üniversiteye öğretim üyesi olarak atandı. Burada ilk yayımlanan kitabı, Fichte ve Schelling’in Felsefi Sistemleri Arasındaki Ayrım başlığını taşımaktadır. O sırada Schelling de Jena Üniversitesinde görev yapmaktaydı ve Hegel ile aralarında içtenlikli bir arkadaşlık oluştu.